修正税制的通告发出后，欧博商业部调整了部分商品的价格。但是，由于商品流通税的实施细则没有同时公布，商人对各种商品的税率如何调整及纳税手续了解欠缺，致使商人不敢放手经营，市场在短时期发生了混乱现象。1953年1月3日，河南财委向中央报送了《中央公布税法修正后的问题》；1月9日，山东分局向明等人报送了《关于在执行新税制过程中物价调整草率造成市场混乱情况的报告》；1月11日，北京市委和天津市委分别报送了《关于新税制施行的反映报告》和《新税制公布后的市场物价情况和意见》。这些报告反映了在执行新税制过程中遇到的困难和问题，认为“在执行新税制当中物价的调整过于仓卒草率，因而造成了严重的市场混乱”。
上述报告引起了毛泽东主席的重视。1月15日，他写信给周恩来、邓小平、陈云和薄一波，信中写道：“新税制事，中央既未讨论，对各中央局、分局、省市委亦未下达通知，匆率发表，毫无准备。此事似已在全国引起波动，不但上海、北京两处而已，究应如何处理，请你们研究告我。此事我看报始知，我看了亦不大懂，无怪向明等人不大懂。究竟新税制与旧税制比较利害如何？何以因税制而引起物价如此波动？请令主管机关条举告我。”从信中可以看到，毛泽东的批评主要是针对修正税制没有经过中央讨论而发表，以及事先没有经过其审阅。薄一波看到信后，“心情半是沉重，半是茫然”，“词锋甚严，显然事出有因”。
根据毛泽东的意见，财政部和税务总局派出若干个小组分赴各大中城市进行检查，欧博娱乐并对新税制中出现的较大问题采取了补救措施。1953年2月10日，财政部吴波、商业部姚依林和粮食部陈希云联名写信给毛泽东和党中央，就修正税制的目的、新税制对物价的影响和在执行过程中发生的问题等作了说明。此后，吴波又向毛泽东和政治局汇报了修正税制的内容、出现的问题和解决的办法等。但毛泽东的这次批评更为严厉，认为“‘公私一律平等’违背了七届二中全会的决议；修正税制事先没有报告中央，可是找资本家商量了，把资本家看得比党中央还重；这个新税制得到资本家的叫好，是‘右倾机会主义’的错误”。毛泽东的这次批评比1月15日信中的语气更重，并且把修正税制提到了路线错误的高度，这就使薄一波等人“不免感到震惊”。
对修正税制的批评到此并没有结束。在1953年夏季召开的全国财经会议上，讨论和批评新税制，实际上成为了会议的中心问题。7月13日下午，在扩大的第15次领导小组会议上，薄一波做了第一次检讨。但是，会议气氛立刻紧张起来，薄一波也就成为“桌面上斗争”的集中目标。此后，从7月14日到25日，连续召开了八次扩大领导小组会议，对薄一波进行批评。8月1日，薄一波又作了第二次检讨，承认修正税制违反了七届二中全会的决议，是对资本主义经济限制和反限制的“原则性错误”，并且“没有经过政治局讨论，是分散主义”，“在组织上也是错误的”。但在当时的会议气氛下，这次检讨仍然没有过关。
为了缓解会议的紧张气氛，尽快把结论定下来，毛泽东出主意把在外地修养的陈云和邓小平请回来参加会议。8月6日，在第29次扩大的领导小组会议上，陈云对薄一波和修正税制作了发言。陈云明确指出：“解放以后，到去年为止，加工订货、代购代销的比重逐渐增加。这样一来，就相对地减少了买卖关系，税收也随之减少，需要想办法来补救。在这种情况下提出新税制是有理由的。但是采取什么办法应该考虑。新的税制对税收减少缺乏分析，因此提出的补救办法是错误的。新税制的错误，其结果是很明显的：不利于社会主义经济，有利于资本主义经济”。
针对有些人提出的中财委存在两条路线的问题，陈云说：“我以为在工作中个别不同意见是不会没有的，在一起做了4年工作，如果说没有一点不同的意见，当然不行。这些意见，也不能说他的都是错误的，我的都是对的，也不能说他的都是对的，我的都是错的。总的说起来，我在今天这样的会上不能说中财委有两条路线。”邓小平回到北京之后，表示赞成对薄一波的批评，但并不赞成把薄一波在工作中犯的错误当作路线错误。陈云和邓小平的发言对当时的会议气氛起到了降温作用，有利于意见的统一和结论的做出。
在全国财经会议即将结束之际，中央政治局于1953年8月10日晚讨论了周恩来的结论报告，并进行修改。此前，毛泽东曾对结论有关段落进行多次修改，其中加写了他概括的关于过渡时期总路线的比较完整的提法；并在引述中共七届二中全会决议第四段论述即“同私人资本主义进行限制和反限制的斗争”的内容之后，加写了这样一句话：“以薄一波同志为代表的若干财经工作干部在对私人资本主义所犯错误是直接违反上述规定的”。但把凡是说薄一波犯了“带路线性的右倾机会主义错误”之处，都删去了“带路线性”4个字。8月11日晚，周恩来在会议的结论报告中指出：“修正税制实施的结果，使税负公重于私，工重于商，打击了工业，特别是落后工业，帮助了私营商业，特别是大批发商，并使市场一度混乱，造成群众不满。这样，就有利于资本主义经济，不利于社会主义经济和半社会主义经济”，“是违反党的二中全会决议在这个方面所规定的原则的错误。”
在8月12日的会议上，毛泽东进行了进一步的总结，他指出，“新税制发展下去，势必离开马克思列宁主义，离开党在过渡时期的总路线，向资本主义发展”；新税制的错误“是思想问题，是离开了党的总路线的问题”；应该批判薄一波“有利于资本主义，不利于社会主义的资产阶级思想”；资产阶级“精神的糖衣炮弹打中了一个靶子，就是薄一波”；“宣传新税制的社论，资产阶级拍掌，薄一波高兴了”。为了解决这些问题，“关键是巩固集体领导，反对分散主义。”
